Los servicios de biblioteca se iniciaron desde la fundación de la Universidad.
Se consolidaron con la donación de la colección de Carlos M. Elías, que constituyó un fondo importante durante varios años. Entre sus primeros directores se encuentran el historiador Rubén Vargas Ugarte S.J. y el padre Valentín Trujillo.
La Biblioteca de Ingeniería empezó como una pequeña sala de lectura con algunos libros para apoyar la formación de los dieciséis alumnos de la Facultad de Ingeniería, que en aquella época ofrecía solamente la carrera de Ingeniería Civil.
Durante el rectorado del monseñor Fidel Tubino (1953-1962), comenzó la modernización de la biblioteca, la normalización de sus servicios, el nombramiento del personal bibliotecario y el crecimiento de sus colecciones. Se encargó la dirección de todas las bibliotecas al Dr. Pedro Rodríguez Crespo, profesor de la Facultad de Letras.
Se diseñó una política de centralización de los recursos informativos para alumnos y profesores. Se constituyó la Biblioteca Central, que alberga a la mayoría de las colecciones bibliográficas para las áreas de Humanidades, Derecho, Educación, Arte, entre otras.
Con el rectorado del padre Felipe Mac Gregor (1962-1977), se enfatizó el proyecto de centralización de las bibliotecas. La mayoría estaba en los locales de las facultades, situadas en distintas casonas del Centro de Lima, y algunas en nuestro campus actual. Este proyecto sentó las bases del funcionamiento de la Biblioteca Central y de las bibliotecas departamentales, mediante el desarrollo coordinado de las colecciones, la presencia de personal bibliotecario y la normalización de los servicios.
Con la fundación de la Facultad de Ciencias Sociales, la Biblioteca de Ciencias Sociales inició sus actividades.
Se fundó la Biblioteca de Ciencias. El doctor José Tola Pasquel, su principal impulsor, gestionó y logró su creación desde el Departamento Académico de Ciencias.
La dirección de todas las bibliotecas fue confiada a la Dra. Carmen Villanueva, quien puso en práctica el plan de centralización.
Se integraron a la Biblioteca de Ciencias Sociales parte de los libros del Centro de Documentación del Cisepa, instituto con autonomía administrativa afiliado a la PUCP. La Biblioteca funcionó durante seis años en un ambiente provisional y en 1971 se trasladó al edificio de la facultad.
La Fundación del Banco Continental para la Educación, la Ciencia y la Cultura financió la etapa final de construcción del edificio de la Biblioteca Central.
Por iniciativa del Dr. Salomón Lerner, rector de la PUCP en aquella época, y a propuesta del Departamento de Humanidades, el Consejo Universitario aprobó la creación del Centro de Estudios Orientales, que inició sus actividades al año siguiente. El local, en donde está ubicada también su biblioteca, fue construido con el valioso aporte de The Commemorative Association for The Japan World Exposition 1970.
La Biblioteca de Teología ocupó un nuevo espacio, en el ala izquierda del edificio del Departamento de Teología.
La Facultad y la Biblioteca de Ciencias Sociales consideraron honrar la memoria del profesor Alberto Flores Galindo. La biblioteca lleva su nombre en reconocimiento a sus cualidades académicas e intelectuales, y también al impulso que dio para su desarrollo. La Hemeroteca de Ingeniería se inició como parte de la Biblioteca de Ingeniería y, a fines de 1990, se trasladó al segundo piso del pabellón de la Facultad de Ingeniería de Minas. Su colección se incrementó con la donación de material relacionado con la minería del Dr. G. Petersen. Luego se incluyeron también las tesis de Ingeniería (Civil, Mecánica, Minas, Industrial, Electrónica e Informática).
La Biblioteca de Estudios Generales Ciencias funcionó, inicialmente, en el segundo piso de dicha Facultad. En marzo se inauguró un nuevo ambiente en el primer piso, por iniciativa del rector Hugo Sarabia Swett y del decano Dionisio Ugaz Mont.
En los años 1994, 2001, 2010 y 2013 se amplió el edificio de la Biblioteca Central, pues el crecimiento de sus colecciones y la implementación y proyección de nuevos servicios hicieron imprescindible contar con más espacio.
Concluyó la construcción del Complejo de Innovación Académica. Este edificio alberga las colecciones de las bibliotecas de Arquitectura, Ciencias, Estudios Generales Ciencias e Ingeniería.
Se inauguró el edificio "Nuevo Complejo" para Ciencias Sociales y Economía. El segundo sótano y el segundo piso albergan a la Biblioteca de Ciencias Sociales "Alberto Flores Galindo" y al CEDOC.